臭氧的殺菌能力，在科學數據上廣為周知，臭氧可藉由直接破壞DNA或產生具反應性的氧自由基，使細菌、真菌等菌體的蛋白質外殼氧化變性，達到殺菌功能。短時間內可有效地殺滅大腸桿菌、蠟桿菌、巨桿菌、痢疾桿菌、傷寒桿菌、流腦雙球菌、金黃色葡萄球菌、沙門氏菌以及流感病毒、肝炎病毒等多種微生物。